随着高等教育的发展，教学内容的扩展延伸，学时数的缩减，传统的微生物学教学方式日渐凸现出弊端：教学形式单调，教学资源缺乏, 教学手段落后, 学生学习的主动性得不到充分发挥，教与学之间缺乏交流和沟通。随着计算机网络技术的发展，促进了网络及多媒体教学的诞生。网络及多媒体教学可解决传统教学存在的多种不易解决的问题，它引发了传统教学以教师为中心到以学生为主体的转变，以实现自主学习、协作学习、探究学习、个性化学习，培养学生的创造能力。网络及多媒体教学有2种方式：
 1、网络教学：采用基于问题的探究型网络教学模式。该模式的特点为：①教师设计“问题”，学生通过网络教学系统自主学习网络课程、利用网上资源、搜索工具等进行小组协作学习，师生通过教学网站、网络课程BBS进行交流，解决问题。②教师提出拓展性专题，各小组进行研究性学习，将成果写成论文。③各小组用演示文稿，汇报专题的学习成果。④学习成果提交教学网站展示，并录入本课程的资源库。⑤进行在线练习和在线测验。该模式充分发挥网络环境下学习的优势，将学习内容问题化、学习过程探究化、学习活动网络化，使学生的主体性得以实现。
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2、多媒体教学：采用人机结合的互动式多媒体教学模式。该模式的特点为：通过计算机,教师展示各种多媒体教学材料，学生与教师直接对话。师生可通过计算机进行提问、回答、设疑、讨论、练习、测试等教学活动，实现了教师与学生的双向交流与互动，充分体现了以学生为主体的教育思想。
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传统课堂教学采用的挂图、幻灯和投影一般是静态的、无声的,网络及多媒体教学充分利用计算机网络及多媒体技术，采用大量的动画，与文字、图片、表格、声音、视频等集于一体，充分表现学习内容，使课程更加丰富、生动、直观，更好地帮助学生理解与掌握知识。本课程组研制了大量的动画，提高了学习效果。如由于放线菌的形态结构复杂而微小，又以菌落的形式存在，用显微镜也不易看见单株菌的完整形态，所以学习者难以理解，而将放线菌生长及繁殖的过程制作成Flash动画，用鲜明的色彩生动地将“单株链霉菌”从基质里长出基内菌丝、气生菌丝到孢子丝及孢子的落下都形象地展示在学习者面前，使学习者容易理解且激发了他们的兴趣，并可在短暂的时间内观察到其实际上需要若干天才能完成的过程。此外，还制作了细菌的形态、细菌鞭毛的类型、细菌的繁殖、衣原体生活史、T4噬菌体的装配过程等一系列化繁为简、化静为动、使学习者身临其境的动画，充分激发了学习者的兴趣。
可以模拟实验。如细菌的革兰氏染色过程，采用仅用文字很难讲清楚染色过程的颜色变化，但用Flash的颜色渐变动画功能可以很容易模拟出革兰氏阳性菌及阴性菌在结晶紫初染、碘液媒染后均变成蓝紫色，而在95%乙醇脱色后，革兰氏阴性菌逐渐褪色，经石炭酸复红复染后，革兰氏阴性菌变成浅红色，而革兰氏阳性菌则仍为蓝紫色，最后演示实际染色后的真实图片。短短一分钟的动画，使学习者轻松地掌握了这个步骤多，时间长，技巧性强的实验。
又如，根据球菌细胞的分裂面和子细胞分离与否，其子细胞有不同的排列状态，我们将每一种类型的球菌细胞分裂过程都制成动画，激发了兴趣，使学生较容易理解单球菌、双球菌、链球菌、四联球菌、八叠球菌和葡萄球菌的概念及区别。这样通过生动的图像、声音，可以化抽象为具体，化感性为理性，配以精炼的讲解，使教学重点突出，难点突破，脉络清晰，层次分明，有事半功倍的教学效果，便于开展启发式和互动式教学，避免了“照本宣科”或“照幻灯片宣科”的现象发生，从而能有效地调动学生的学习积极性，提高了教学质量。很多学生感觉上微生物学多媒体课就像看动画片、看电影一样，生动有趣，激发了学习兴趣，提高了教学效果。
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