脊索：身体背部起支持作用的棒状结构，位于消化道背面、背神经管腹面。典型的脊索由富液泡的脊索细胞组成，外面围有脊索细胞分泌形成的结缔组织鞘（脊索鞘）。

背神经管：脊索动物的神经中枢，位于脊索背面。在胚胎发育时，由胚胎背中部的外胚层加厚、下陷卷曲而成。脊椎动物的背神经管前端膨大分化为脑，后段分化为脊髓。

咽鳃裂：脊索动物消化管前端咽壁两侧有许多成对的裂缝，直接或间接与外界相通，即为咽鳃裂。在咽鳃裂之间的咽壁上着生布满血管的鳃，为呼吸器官。低等脊索动物终生保留，陆生脊椎动物仅胚胎期具咽鳃裂。

无颌类与有颌类：无上下颌骨支持口缘的脊椎动物，称为无颌类，现仅存圆口纲。有上下颌骨支持口缘的脊椎动物，称为有颌类，即除圆口纲以外的脊椎动物，包括：鱼纲、两栖纲、爬行纲、鸟纲和哺乳纲。

非羊膜动物与羊膜动物：在胚胎发育过程中不具有羊膜的脊椎动物，称为非羊膜动物，包括：圆口纲、鱼纲和两栖纲。在胚胎发育过程中具有羊膜的脊椎动物，称为羊膜动物，包括：爬行纲、鸟纲和哺乳纲。

变温动物与恒温动物：新陈代谢水平较低，体温调节能力较差，体温随外界环境温度的变化而变化的动物，称为变温动物，又称外温动物或冷血动物，包括：圆口纲、鱼纲、两栖纲和爬行纲。新陈代谢水平较高，体温调节能力较强，体温保持相对恒定，不随外界环境温度变化而变化的脊椎动物，称为恒温动物，包括：鸟纲和哺乳纲。

肛后尾：脊索动物的尾，位于肛门之后，称肛后尾。

被囊：尾索动物体外包有一层由体壁分泌的似纤维素的被囊素形成的结构，称被囊，可保护身体。此结构仅见于尾索动物和少数原生动物。

逆行变态：又称退化变态。经过变态，动物失去一些重要的结构，形态变得更为简单，称逆行变态。如海鞘经变态后失去脊索、背神经管等重要结构。

背板与内柱：海鞘、文昌鱼等原索动物咽腔内壁背面、腹面中央各有一条沟状结构，分别称为背板和内柱。沟内有腺细胞和纤毛细胞，背板、内柱上下相对，在咽前端以围咽沟相连。腺细胞分泌黏液使沉入内柱的食物黏聚成团，纤毛摆动将食物从内柱向前推行，经围咽沟沿背板进入食道，再进入胃、肠进行消化。