贝壳：软体动物特有结构，因此软体动物又称贝类。贝壳是由外套膜上皮细胞分泌形成的外壳，一般分为三层：角质层（壳皮）、棱柱层（壳层）和珍珠层（壳底），其成分主要是碳酸钙及少量贝壳素，为保护动物体的结构。贝壳的形状、数量因种类不同而异。

外套膜：软体动物背侧皮肤褶壁向下延伸形成的结构，常包裹着内脏团和鳃，有时足也包裹其中，具保护内脏的作用，有些还有运动（如头足类）、呼吸（如蜗牛）的功能。外套膜由内外两层上皮及中间的结缔组织构成，外层上皮的分泌物形成贝壳，内层上皮的纤毛摆动形成水流，借以完成呼吸、摄食、排泄、生殖等。

外套腔：外套膜与内脏团之间的空腔称外套腔。

齿舌：软体动物特有的刮取食物的器官。位于口腔底部的舌状突起表面，由横列的角质齿组成，似锉刀，摄食时伸出刮取食物。齿舌的数目、形状、大小为重要的分类依据。

晶杆：河蚌等动物胃肠之间的一种结构，为具消化酶的胶状物质构成的圆杆状结构，从晶杆囊中伸至胃内，晶杆囊壁上的纤毛摆动使晶杆不停转动以搅拌食物，同时晶杆端部有胃液作用下软化并溶解，释放糖原酶消化食物。

鳃心：乌贼等头足类动物入鳃血管在鳃基部膨大，并能搏动，将血液送入鳃血管，进行气体交换。

围心腔：软体动物由围心腔膜形成的包围心脏的空腔，一般位于内脏团背侧，是体腔残留的部分，内有体腔液，心室和心耳位于其中，有保护心脏、辅助循环和排泄的作用。

次生鳃：又称露鳃或裸鳃。是软体动物的原鳃（实际上是栉鳃）消失后，代之以皮肤许多突起形成的一种次生性的皮肤鳃。有的分布于身体的整个背面（如蓑海牛），有的分布在身体的某一部位（如舌尾海牛的皮肤鳃在身体后端背面围绕肛门分布）。

墨囊：乌贼等头足类动物在胃的附近有一囊状结构，即为墨囊。墨囊内有墨腺，能分泌墨汁，囊有一长管直肠并行，末端在近肛门处开口于外套腔。囊内墨汁可从漏斗喷出，将海水染黑，有利于捕食和逃避敌害。