鳃隐鞭毛虫Cryptobia branchialis

        鳃隐鞭毛虫寄生于鲩鱼鳃瓣，大量寄生时因破坏鳃表及刺激鳃组织而引起大量分泌粘液，妨碍鱼的呼吸，从而导致死亡。尤以对夏花鱼种的为害最大，严重时出现大量死亡。

        夜光虫、沟腰鞭毛虫、裸甲藻等是一群造成海洋“赤潮”的种类。在我国渤海、黄河口、广东一带均曾发生过赤潮。由于这些浮游生物的大量繁殖，其体内含有金色拟脂物，一旦密度过大，海水便呈现为赤色，故名。由于它们的繁殖过剩，造成死亡，大量消耗水中的氧；同时它们数量过多降低了水的透光性，阻碍水中植物的光合作用。另一方面，浮游生物密度过大，也会直接阻塞鱼鳃、贝类进出水孔，影响它们的呼吸，最后导致鱼、虾、贝类等的大量死亡。

        不过，也有不少鞭毛虫是鱼类的天然饵料。

附着在鳃组织上的鳃隐鞭毛虫